菲尔普斯出生于美国马里兰州东北海岸一个蓝领聚居的小镇，在那里，人们崇尚橄榄球而不是游泳。菲尔普斯是家里的第三个、也是最小的一个孩子，小时候常和两个姐姐希拉里、惠特妮在北巴尔的摩水上俱乐部度过。迈克尔·菲尔普斯的童年生活并不美满，父母很早就离婚了，父亲弗雷德是马里兰州一位退休警官，也曾是一名运动员,母亲黛比则是一位学校老师，同时兼任巴尔的摩郡教育系统的行政官员。菲尔普斯自小就在游泳池边长大，两个姐姐希拉里、惠特尼都是优秀的游泳运动员。